Tra le missioni del museo vi è anche quella di arricchire le diverse collezioni, tra cui il patrimonio mineralogico, attraverso acquisizioni di campioni prestigiosi. Tra gli esemplari entrati nella collezione vanno menzionati un grande campione di calcite in cristalli traslucidi, zonati, di colore rosato e giallo-verdastro, di oltre 60 centimetri,proveniente dalla Cina, e una serie di esemplari di pirite in perfetti cristalli pentagonododecaedrici su ematiteprovenienti da uno scavo minerario presso Rio Marina, all’Isola d’Elba.
Degni di nota sono anche un enorme esemplare di microclino del peso di circa 70 chilogrammi con cristalli fino a 30 centimetri proveniente dal Pakistan, un grande cristallo di quarzo del peso di 35 chilogrammi proveniente dal Malawi, un esemplare di quarzo in perfetti cristalli allungati della val Formazza, un campione di barite in cristalli dalla miniera del Predil, in Friuli Venezia Giulia, e la collezione mineralogica Donizetti, ricca di quasi 500 esemplari mineralogici, tra cui molti provenienti dai giacimenti lombardi, piemontesi e veneti.
